Sur le site de questions/réponses de la SNCF, un controleur officiant notamment sur Lyria m'avait maintenu à plusieurs reprises qu'il était interdit de fractionner un trajet en deux billets contigus, mais il avait été incapable de me donner le point du règlement de transport où cette règle était écrite (et pour l'avoir bien parcouru, je n'ai rien trouvé de tel).
Donc à mon sens, il n'est pas plus interdit de fractionner un trajet sur Lyria que de fractionner un trajet sur Renfe-SNCF ou de prendre un Paris-Karlsruhe pour se rendre à Strasbourg (ça l'est par contre sur iDTGV, mais c'est cette fois clairement mentionné dans les CGV).
Il y en a un autre : prendre un billet de TER plus long que son trajet, mais avec un départ en période bleue plutôt qu'en période blanche. Exemple : la période blanche commence à 17h, et mon TER part à 17h04, on peut payer moins cher tout en étant en règle en prenant un billet en période bleue depuis la gare précédente (disons 16h56).