Le tunnel de Loyasse (entre St Paul et Gorge de Loup) a toujours été et est toujours à double voie ; par contre, avant le tram-train, la voie unique commençait dès la sortie de Gorge de Loup, alors qu'avec la modernisation, on est en double voie jusque Tassin, sauf sous le tunnel des Deux Amants (entre Gorge de Loup et Ecully-Demi Lune), qui lui avait été mis à voie unique.
De plus, avec le TT, une paire d'aiguilles a été posée en sortie de St Paul entre les 2 voies. Auparavant, un train qui arrivait voie 1 a St Paul repartait obligatoirement voie 1 jusque Gorge de Loup, idem pour la voie 2 : il n'y avait aucune communication entre les 2 voies. Désormais, on roule à gauche dans chaque sens entre les 2 gares.